Nu är Transportstyrelsens avgifter för sjöfart 2013 beslutade. Under 2013 fasas den sista delen av farledsavgiften ut. Det innebär att subventionen för att finansiera tillståndprövning, tillsyn och regelgivning inom sjöfartsområdet upphör. Det får i sin tur till följd att avgifterna höjs.
2013 års avgifter inom väg, järnväg och luftfart har beslutats tidigare. Beslutet om sjöfartsavgifterna sköts upp i avvaktan på en fördjupad konsekvensutredning av de förslag som gick ut på remiss. Nu har Transportstyrelsen genomfört den fördjupade konsekvensutredningen och fattat beslut om 2013 års avgifter för sjöfarten. De nya avgifterna träder i kraft 1 januari 2013.
Inom tillsyn, där löpande debitering tidigare använts, införs fasta, årliga avgifter, indelade på fartygstyp och olika klasser beroende på fartygets storlek (bruttodräktighetsklasser). En fast avgift för förstagångsutfärdande införs där omfattningen på ärenden är relativt lika. En årsavgift för tillsyn av fartyg med en bruttodräktighet (fartygets storlek beräknad på fartygets totala inneslutna rymd) under 20 införs, liksom avgift för tillsyn och tillståndsprövning av auktoriserade firmor.
Undantagna från den fasta, årliga avgiften är så kallade traditionsfartyg. Här behålls den löpande debiteringen även under 2013. Orsaken är att Transportstyrelsen vill avvakta den utredning av kulturhistorisk verksamhet inom alla trafikslag som myndigheten fått uppdrag av regeringen att genomföra. Uppdraget ska slutredovisas till näringsdepartementet i mars 2013.
Andra exempel på förändringar 2013 är att avgiften för skeppsmätning delas upp i flera avgifter, baserade på olika intervaller för bruttodräktighet. Samtidigt som vissa mätningsarter får en högre avgift får andra en lägre. Avgifterna för personliga tillstånd som behörighetsbevis och certifikat sänks. En separat årsavgift för redarnas tillgång till sjömansregistret införs. Avgiften för avregistrering av båt försvinner och ingår istället i avgiften för registrering av båt. Registerhållningsavgiften höjs något.